TiddlyWiki5 peut être utilisé depuis la ligne de commande, dans le but d'effectuer un ensemble d'opérations qui manipulent [[dossiers TiddlyWiki|TiddlyWikiFolders]], [[fichiers de tiddlers|TiddlerFiles]] et [[fichiers TiddlyWiki|TiddlyWikiFiles]].
Par exemple, la commande ci-dessous charge les tiddlers d'un fichier <<tw>> HTML, et enregistre l'un d'eux dans un fichier HTML statique<<dp>>
L'exécution du programme `tiddlywiki` depuis la ligne de commande démarre le noyau <<tw>>, charge les plugins de base et met en place une structure de wiki vide. Puis les arguments de la ligne de commande sont traités à la suite, de gauche à droite. Les arguments sont séparés par des espaces.
Le premier argument est un chemin optionnel vers le [[dossier|TiddlyWikiFolders]] à charger. Si absent, le répertoire courant est utilisé.
Suivent les commandes proprement dites, avec leurs arguments spécifiques, chaque commande étant annoncée par le préfixe `--`.